Ngày 13 tháng 12 năm 1993, một chiếc Y-12 (II) của Lao Aviation (nay là Lao Airlines) có số đăng ký RDPL-34117, đã đâm vào cây trong điều kiện thời tiết sương mù và rơi xuống Phonsavan, Lào, khiến tất cả 18 người trên máy bay thiệt mạng.[35]
Ngày 4 tháng 4 năm 1995, một chiếc Y-12 (II) của TANS Perú có số đăng ký 333/OB-1498, bị rơi ngay sau khi cất cánh từ Sân bay Quốc tế Iquitos, Peru, khiến cả 3 người trên máy bay thiệt mạng.
Ngày 21 tháng 6 năm 1996, một chiếc Y-12 (II) của China Flying Dragon Aviation có số đăng ký B-3822, đã đâm vào một ngọn núi cao 100 m (330 ft) gần Sân bay Trường Hải sau khi kíp lái bắt đầu tiếp cận hạ cánh quá sớm và đi chệch hướng dự định, khiến 2 trong số 12 người trên máy bay thiệt mạng.[36]
Ngày 26 tháng 5 năm 1998, một chiếc Y-12 (II) của MIAT Mongolian Airlines có số đăng ký JU-1017, đã đâm vào một ngọn núi cao 3.300 m (10.800 ft) gần Galt, Mông Cổ, khi đang trên đường bay đến Tosontsengel, nguyên nhân do hệ thống làm tan băng ở cánh bị lỗi nên băng đóng dày và dẫn đến vượt quá tải trọng, vụ việc làm tất cả 28 người trên máy bay thiệt mạng; đây là vụ tai nạn tồi tệ nhất từng xảy ra liên quan đến Y-12.
Ngày 18 tháng 5 năm 2005, một chiếc Y-12 (II) mang số hiệu AF-216 của Không quân Zambia, bị rơi ngay sau khi cất cánh từ Sân bay Mongu làm thiệt mạng tất cả 13 người trên máy bay.[39]
Ngày 10 tháng 4 năm 2006, một chiếc Y-12 (II) số hiệu 132 của Không quân Kenya (KAF), đã đâm vào sườn núi Marsabit, làm thiệt mạng 14 trong số 17 người trên máy bay.[40]
Ngày 15 tháng 6 năm 2008, một chiếc Y-12 (II) của China Flying Dragon Aviation có số đăng ký B-3841, đã va chạm với ngọn đồi nhỏ trong chuyến bay khảo sát một mỏ nhôm mới, khiến 3 trong số 4 người trên máy bay thiệt mạng.[41]
Ngày 12 tháng 7 năm 2012, một chiếc Y-12 (II) của Không quân Quốc gia Mauritanie bị rơi khi đang vận chuyển vàng, khiến cả 7 người trên máy bay thiệt mạng.[42]
Ngày 12 tháng 5 năm 2014, một chiếc Y-12 (II) của Không quân Kenya bị rơi ở El Wak, Kenya khi đang trên hành trình từ Mandera đến Nairobi với các điểm dừng tại El Wak và Garissa. Thông tin sơ bộ cho thấy 1 phi công thiệt mạng và 11 người còn lại bị thương.[43]
Ngày 26 tháng 8 năm 2018, một chiếc Y-12E của Không quân Colombia bị hư hại khi đang bay do gặp phải nhiễu loạn không khí nghiêm trọng. Phi công đã cho hạ cánh khẩn cấp xuống Florencia, sau đó máy bay không được sửa chữa và bị tháo dỡ tại chỗ.[44]
Ngày 3 tháng 1 năm 2020, một chiếc Y-12 (II) của Không quân Sri Lanka rơi xuống Haputale, Sri Lanka, khi nó đang bay quan sát trên không, làm cả 4 người trên máy bay thiệt mạng.[45]
Ngày 4 tháng 8 năm 2020, một chiếc Y-12 (II) của Không quân Kenya làm nhiệm vụ tiếp tế cho Phái bộ Liên minh châu Phi tại Somalia (AMISOM) bị rơi sau khi cất cánh từ Sân bay Dhobley ở Somalia. May mắn là tất cả 10 người đều sống sót. Máy bay bị hư hỏng nghiêm trọng.[46]
